外胚层、中胚层与内胚层形成各种组织和器官的过程，称为器官形成，也称做器官发生。以青蛙的胚胎为例，在器官形成的早期，外胚层会在突起之后向内凹陷，形成神经脊与神经管；中胚层则会形成中胚叶节（somite）与脊椎，中胚叶节包围的空间称为体腔。
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